土壤樣本的采集
分離肥料菌種是篩選的第*步，任務是獲得多樣化的不同種類的菌株，供進一步篩選之用。土壤是微生物生長發育的良好環境。所以，微生物肥料菌種主要是從土壤分離。由于土壤中有多種微生物，為了分離得到不同微生物，應選擇培養基進行分離。
菌株的分離與純化
(1)稀釋法
稱取采集的土壤樣本l0g，置入裝有小玻璃珠的l00mL無菌水的250mL三角瓶中，振蕩20min，即制成10%的土壤懸浮液，放置30s后，用無菌吸管按每級稀釋10倍的順序制備系列的土壤稀釋液。稀釋液的稀釋度是由土壤中的目的菌含量決定的。稀釋度過大，造成出菌率過低；稀釋度過小，會使分離的菌落過密，影響分離和純化。所以應做預備試驗，以確定適宜的稀釋倍數。
(2)彈土法
將風干土壤研細過篩后，取一定量的細土平鋪于光滑圓硬紙板（大小約為培養皿的直徑）上，再將多余的倒掉，使紙板上微微見有細土黏附。接種時將紙板的黏土面輕輕覆蓋在培養基平板上，并用手指輕輕彈動一下立即取下，則有一層土壤微粒均勻地散落在平板上。取下的土樣紙板仍可連續用于第二、第三和第四套培養皿，通過土壤量的遞減，以達到控制理想的出菌率。
(3)混土法
先將2%左右的水瓊脂15mL倒入培養皿制成平板，成為底層培養基，然后稱取1～2mg研細的土樣與20mL已融化的分離培養基混勻，吸取5mL，于已凝固的水瓊脂平板上鋪平，進行分離培養。
